В системах Windows под rootkit принято подразумевать программу, которая внедряется в систему и перехватывает системные функции (Windows API). Перехват и модификация низкоуровневых API-функций, в первую очередь, позволяет такой программе достаточно качественно маскировать свое присутствие в системе. Кроме того, как правило, rootkit может маскировать присутствие в системе любых описанных в его конфигурации процессов, каталогов и файлов на диске, ключей в реестре. Многие rootkit устанавливают в систему свои драйверы и службы (они также являются "невидимыми"). Для борьбы с руткитами специалистами Лаборатории Касперского была разработана утилита TDSSKiller.
